O manifesto da ciência da operação quando realizado, apenas registra que a empresa reconhece o recebimento de determinada NF-e, mas não significa que esteja de acordo com a operação comercial realizada e, em posse do arquivo XML, precisa ainda apresentar uma manifestação conclusiva informando o status dentro de uma das categorias:

1. Confirmação da operação: a empresa confirma o reconhecimento da operação. Uma vez manifestada a confirmação, o status não poderá mais ser alterado junto ao Sefaz.
2. Operação não realizada: o destinatário deve informar a não efetivação da operação e justificar o motivo. Alguns exemplos comuns são: devolução da mercadoria, sinistro de carga, produto entregue errado.
3. Desconhecimento da NF-e: quando a empresa registra que seu CNPJ ou IE foram utilizados de forma indevida pelo fornecedor ou que não reconhece determinada compra.